El molí fariner de Sant Joan de les Abadesses, conegut com el Molí Petit, té l’origen en l’època medieval. Està documentat per primera vegada el segle XIV, però es considera que ja estava en funcionament als inicis del monestir, al segle IX. Es va mantenir en funcionament fins a la dècada de 1.970, utilitzant l’aigua que li arribava de la riera d’Arçamala a través d’un canal com a única font d’energia.
L’any 2.003, l’Ajuntament de Sant Joan de les Abadesses va decidir rehabilitar el seu exterior després d’anys de decadència i desmoronament. EL 2.004, va sortir a concurs la seva rehabilitació i adequació interior per a usos de conscienciació mediambiental. Des de llavors, l’edifici està a càrrec de CEA Alt Ter.
Actualment, alberga l’Ecomuseu del Molí Petit, un centre d’interpretació dels molins hidràulics i dels ecosistemes fluvials. A l’interior, es pot visitar una exposició permanent amb plafons, maquetes i audiovisuals sobre la vida al molí i el funcionament del seu mecanisme hidràulic. Als exteriors del Molí Petit, s’hi realitzen, durant tot l’any, activitats d’educació i divulgació mediambiental.
