El molino harinero de Sant Joan de les Abadesses, conocido como el Molino pequeño, tiene su origen en la época medieval. Está documentado por primera vez en el siglo XIV, pero se considera que ya estaba en funcionamiento a inicios del monasterio, en el siglo IX. Se mantuvo en funcionamiento hasta la década de 1.970, utilizando el agua que le llegaba del arroyo de Arçamala a través de un canal como única fuente de energía.  En el año 2.003, el Ayuntamiento de Sant Joan de les Abadesses decidió rehabilitar su exterior tras años de decadencia y desmoronamiento. EL 2.004, salió a concurso su rehabilitación y adecuación interior para usos de concienciación medioambiental. Desde entonces, el edificio está a cargo de CEA Alt Ter.

Actualmente, alberga el Ecomuseo del Molino Pequeño, un centro de interpretación de los molinos hidráulicos y de los ecosistemas fluviales. En su interior, se puede visitar una exposición permanente con paneles, maquetas y audiovisuales sobre la vida en el molino y el funcionamiento de su mecanismo hidráulico. En los exteriores, se realizan, durante todo el año, actividades de educación y divulgación medioambiental.